En agosto de 2024, Ter Stegen fue anunciado como el nuevo capitán del Barcelona, un reconocimiento merecido tras más de 400 apariciones con el club catalán, donde había ganado cinco Ligas, cinco Copas del Rey y una Champions League. Sin embargo, apenas un mes después sufrió una grave lesión de rodilla, que lo dejó fuera gran parte de la temporada 2024-25.
El pasado verano, Hansi Flick, técnico del Barça, le comunicó al alemán que sería el tercer portero del equipo, por detrás de Joan García y Wojciech Szczesny. Hasta ahora, Ter Stegen solo ha disputado un partido esta temporada: la victoria 2-0 ante Guadalajara en la Copa del Rey. En diciembre, Flick dejó claro quién manda en el arco: "Joan es el número uno," afirmó enfáticamente el entrenador. "No voy a hablar sobre el portero número dos o tres. Joan juega, creemos en él y no tengo intención de cambiarlo. Ha hecho un gran trabajo. Por supuesto que he hablado con Ter Stegen. Es mi trabajo, pero es algo entre él y yo."
Ter Stegen, que perdió la capitanía a comienzos de esta temporada, habría rechazado ofertas del West Ham durante la ventana de transferencias de enero, aunque un regreso a LaLiga parece ganar fuerza.