Ballack permaneció cuatro años en Múnich, es decir, hasta el Mundial de 2006 celebrado en Alemania, en el que, como capitán de la selección alemana, consiguió el tercer puesto. Con el equipo de Múnich se proclamó tres veces campeón de Alemania y ganó además tres Copas de Alemania. En 157 partidos con el Bayern, marcó 62 goles.
En 2006, al terminar su contrato, decidió conscientemente «no volver a la oficina de Uli Hoeneß, porque sabía que él tenía la capacidad de hacerme cambiar de opinión», afirma hoy este hombre de 49 años. Ballack había tomado entonces «la decisión de hacer algo diferente» y fichó por el Chelsea FC sin coste de traspaso.
¿Se ha arrepentido alguna vez de no haber aceptado la oferta del Real Madrid? «Tenía claro que quizá esa oportunidad no volviera a presentarse», recordó Ballack, y reveló que en 2004 también tuvo la posibilidad de fichar por el FC Barcelona, el archirrival del Real Madrid. «Teníamos problemas con el Bayern y estábamos muy avanzados en las negociaciones, pero al final tampoco salió bien», afirmó el 98 veces internacional.
El Bayern venía de una temporada 2003/04 decepcionante y sin títulos, en la que Ballack y compañía quedaron subcampeones, por detrás del Werder Bremen. Además, cayeron en cuartos de final de la Copa DFB ante el entonces equipo de Segunda División Alemannia Aachen, y en la Liga de Campeones su trayectoria terminó en octavos de final contra el Real Madrid.