En aquel momento, Matthäus se encontraba en la cima de su carrera. Tras ganar el Mundial con la selección alemana en 1990, acababa de conquistar la Copa de la UEFA con el Inter y había sido elegido primer «Jugador Mundial de la FIFA» de la historia. Tras el veto de Pellegrini, incluso renovó su contrato en Milán por otros dos años. Sin embargo, no tardó mucho en surgir su siguiente deseo de cambiar de equipo.
Casi un año después de que se frustrara su fichaje por el Real Madrid, llegó a un acuerdo con la Juventus de Turín, antes de sufrir una rotura de ligamentos cruzados en abril de 1992 y perderse también la Eurocopa de ese verano (Alemania perdió la final contra Dinamarca). Aunque Matthäus trabajó duro en las montañas para volver a las canchas, la Juve finalmente se echó atrás. En su lugar, el FC Bayern de Múnich se hizo con sus servicios por la suma, para la época, de 4,2 millones de marcos alemanes. El traspaso fue precedido por una declaración escrita del centrocampista, a instancias de Pellegrini, en la que se comprometía a no volver a jugar en ningún otro club italiano.
Cinco meses después de su rotura de ligamentos cruzados, en septiembre de 1992, Matthäus volvió a saltar al campo con el Bayern. Le siguieron cuatro campeonatos, dos Copas y otro título de la Copa de la UEFA. Ya durante su primera etapa en Múnich, de 1984 a 1998, había ganado dos veces la liga y una vez la Copa DFB. Tras el cambio de milenio, Matthäus fichó por los MetroStars de la MLS para poner fin a su carrera, antes de retirarse en enero de 2001.